ในด้านการพัฒนาจิตใจผู้ต้องขัง  เรือนจำกลางปัตตานีได้จัดอบรมเพื่อพัฒนาจิตใจผู้ต้องขังเป็นประจำทุกเดือน ดังนี้  จัดการเรียนการสอนหลักสูตรธรรมศึกษา ชั้น ตรี  โท  เอก   หลักสูตรอิสลามศึกษา และการอ่านคัมภีร์ อัลกุรอาน  อบรมจิตตภาวนา  อบรมผู้เข้าใหม่  อบรมหมู่ตามประเภทฐานโทษ  อบรมผู้ต้องขังวัยหนุ่มแยกจาก ผู้ใหญ่  พระสงฆ์แสดงธรรมประจำสัปดาห์  ผู้นำทางด้านศาสนาอิสลามเข้าอบรมทุกสัปดาห์  อบรมในวันสำคัญ อบรมโดยวิทยากรผู้ทรงคุณวุฒิ  อบรมก่อนพ้นโทษ  และพัฒนาจิตใจตามโครงการอบรมจริยธรรมอิสลาม