เรือนจำกลางปัตตานี  ตั้งขึ้นตามเขตอำนาจศาลจังหวัด ปัตตานี  มีอำนาจในการควบคุมผู้ต้องขังที่ต้องโทษ  ดังนี้         เรือนจำกลางปัตตานี         จำคุก   15  ปี  ถึง  20  ปี         เรือนจำพิเศษ                  จำคุกไม่เกิน  15  ปี โดยมีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้ ปฏิบัติต่อผู้กระทำผิดให้เป็น ไปตามคำพิพากษา หรือคำสั่งตามกฎหมาย  โดยดำเนินการตามกฎหมาย ว่าด้วยการราชทัณฑ์ และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง  มีหน้าที่ รับผิดชอบผู้กระทำผิดในเขตอำนาจศาลจังหวัดปัตตานี  จำนวน  12  อำเภอ  คือ  อำเภอเมืองปัตตานี  อำเภอหนองจิก อำเภอโคกโพธิ์  อำเภอแม่ลาน  อำเภอยะหริ่ง  อำเภอยะรัง   อำเภอสายบุรี  อำเภอปะนาเระ  อำเภอทุ่งยางแดง   อำเภอกระพ้อ  อำเภอไม้แก่น  และ อำเภอไม้แก่น กำหนดแนวทางปฏิบัติต่อผู้ต้องขัง โดยให้สอดคล้องกับกฎหมายระเบียบ ข้อบังคับ นโยบายของ กระทรวง หลักอาญาวิทยาและหลักทัณฑวิทยา ตลอดจนข้อกำหนดมาตรฐานขั้นต่ำสำหรับปฏิบัติต่อผู้ต้องขัง และข้อเสนอแนะ ในเรื่องที่เกี่ยวข้อง ขององค์การสหประชาชาติ ดำเนินการเกี่ยวกับสวัสดิการ และการสงเคราะห์แก่ผู้ต้องขัง ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของเรือนจำหรือที่กรมราชทัณฑ์มอบหมาย