กรมราชทัณฑ์ได้รับอนุมัติกรอบอัตรากำลังในการปฏิบัติงานเฉพาะเวลาราชการเพียงวันละ 8 ชั่วโมง ซึ่งเป็นกรอบอัตรากำลังขั้นต่ำที่สุดที่สามารถจะปฏิบัติงานได้ ส่วนการปฏิบัติงานนอกเวลาราชการอีกวันละ 16 ชั่วโมงและในวันหยุดราชการการราชทัณฑ์ต้องสับเปลี่ยนหมุนเวียนข้าราชการที่ปฏิบัติหน้าที่ในเวลาราชการปกติ ทุกตำแหน่งมาเข้าเวรยามรักษาการณ์ทำให้ข้าราชการเรือนจำ/ทัณฑสถาน ต้องปฏิบัติหน้าที่อย่างตรากตรำกว่าข้าราชการอื่น จึงก่อให้เกิดความเบื่อหน่ายเสียขวัญไม่มีเวลาให้กับครอบครัวอย่างพอเพียง

ภารกิจหลักที่สำคัญประการแรกของกรมราชทัณฑ์คือการควบคุมผู้ต้องขังไม่ให้หลบหนี กรมราชทัณฑ์ไม่อาจปฏิเสธการรับตัวผู้ต้องขังไว้ในความควบคุมได้แม้เรือนจำจะมีอัตรากำลังหรือสถานที่ควบคุมไม่เพียงพอก็ตาม ประกอบกับการควบคุมหรือการปล่อยตัวผู้ต้องขังจะต้องทำในทันทีที่ได้รับหมายศาลหรือคำสั่งตามกฎหมาย จะผ่อนผันไปดำเนินการในวันอื่นไม่ได้ ข้าราชการเรือนจำฯจึงต้องปฏิบัติงานให้เสร็จสิ้นโดยพลันแม้ว่าจะเลยเวลาราชการหรือขาดแคลนอัตรากำลังก็ตาม ทำให้ข้าราชการที่ปฏิบัติงานอยู่ในปัจจุบันต้องรับภาระหนักและเกิดความกดดันสูง

การรับหมายศาล การรับ-ปล่อย-ตรวจค้นตัวผู้ต้องขังการคำนวณวันพ้นโทษ/การลดวันต้องโทษและการดำเนินงานด้านอื่นๆเช่นการประหารชีวิตนักโทษเด็ดขาดเป็นงานที่ต้องปฏิบัติอย่างรอบคอบจะผิดพลาดไม่ได้  ซึ่งเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานต้องใช้ความชำนาญการและประสบการณ์เฉพาะทาง

การแก้ไขพัฒนาผู้ต้องขังที่ได้ชื่อว่าเป็นผู้ร้ายโดยสันดานเป็นงานที่ยากยิ่งเนื่องจากผู้กระทำผิดส่วนใหญ่สะสมพฤติกรรมความคิดและจิตสำนึกในทางที่ไม่ถูกต้องเป็นระยะเวลายาวนานเป็นบุคคลที่มีสภาพจิตผิดปกติ ดื้อด้านพฤติกรรมเบี่ยงเบน ดังนั้นงานด้านการอบรมแก้ไข พัฒนาพฤตินิสัยเปลี่ยนแปลงความคิดและพฤติกรรมผู้ต้องขังให้เป็นปกติเหมือนบุคคลทั่วไป จึงเป็นงานที่ถือได้ว่ามีความยากมากเป็นพิเศษ

การปฏิบัติงานตามอำนาจหน้าที่ของกรมราชทัณฑ์ เป็นงานที่ยุ่งยากซับซ้อนต้องเกี่ยวข้องกับกฎหมายหลายฉบับเช่นพระราชบัญญัติราชทัณฑ์ พ.ศ. 2479 พระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติเกี่ยวกับการกักกัน ตามประมวลกฎหมายอาญา พ.ศ.2510 พระราชพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติเกี่ยวกับการกักกัน ตามประมวลกฎหมายอาญา พ.ศ. 2506 ประมวลกฎหมายอาญา พ.ศ.2499 และประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา พ.ศ.2478 รวมทั้งการปฏิบัติตามข้อกำหนดมาตรฐานขั้นต่ำสำหรับการปฏิบัติต่อผู้ต้องขังและข้อเสนอแนะในส่วนที่เกี่ยวข้ององค์การสหประชาชาติ ตามความเหมาะสมและงบประมาณที่ได้รับ นอกจากนี้ยังต้องติดต่อประสานงานกับองค์การระหว่างประเทศ หน่วยงานต่างประเทศ สถานทูต สถานกงสุล ตลอดจนองค์กรเอกชนและส่วนราชการอื่นๆ

 ลักษณะงานของกรมราชทัณฑ์ หากการปฏิบัติหน้าที่เกิดความบกพร่องหรือเกิดความผิดพลาดขึ้น เช่นผู้ต้องขังแหกหักหลบหนีปล่อยผู้ต้องขังผิดตัวหรือระบบแก้ไขผู้ต้องขังไม่มีประสิทธิภาพ ผู้ต้องขังกลับไปกระทำผิดสร้างความเสียหายต่อชีวิตและทรัพย์สินของประชาชนจะก่อให้เกิดความเสียหายต่อกระบวนการยุติธรรม ความสงบเรียบร้อยและความปลอดภัยของสังคม

(1) ปฏิบัติต่อผู้กระทําผิดให้เป็นไปตามคําพิพากษาหรือคําสั่งตามกฎหมาย โดยดําเนินการ ตามกฎหมายว่าด้วยราชทัณฑ์และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
(2) กําหนดแนวทางปฏิบัติต่อผู้ต้องขัง และบุคคลที่อยู่ในความควบคุมหรือดูแล ตามหน้าที่และอํานาจของกรม ให้สอดคล้องกับกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ นโยบายของกระทรวง หลักอาชญาวิทยา และหลักทัณฑวิทยา ตลอดจนข้อกําหนดมาตรฐานขั้นต่ำสําหรับปฏิบัติต่อ ผู้ต้องขังและข้อเสนอแนะ ในเรื่องที่เกี่ยวข้องขององค์การสหประชาชาติ
(3) ดําเนินการเกี่ยวกับการสวัสดิการและการสงเคราะห์แก่ผู้ต้องขัง และบุคคลที่อยู่ในความควบคุม หรือดูแลตามหน้าที่และอํานาจของกรม
(4) พัฒนาระบบ รูปแบบ มาตรการ หลักเกณฑ์ มาตรฐาน วิธีการปฏิบัติ และการปฏิบัติ ต่อผู้เข้ารับการตรวจพิสูจน์ในระหว่างที่ถูกควบคุมตัว เพื่อรอการตรวจพิสูจน์ในสถานที่เพื่อการตรวจพิสูจน์ ตามกฎหมายเกี่ยวกับการฟื้นฟูสมรรถภาพผู้ติดยาเสพติด
(5) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกําหนดให้เป็นหน้าที่และอํานาจของกรมหรือตามที่ รัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย