การปฏิบัติต่อผู้ต้องขัง หมายถึง กระบวนการปฏิบัติต่อผู้ต้องขังที่ต่อเนื่องนับจากที่ได้รับตัวผู้ต้องขังไว้ในเรือนจำไปจนถึงปล่อยตัวผู้ต้องขัง จึงครอบคลุมถึงภารกิจในการปฏิบัติต่อผู้ต้องขังทั้งในด้านการจัดบริการอบรมแก้ไขและการดูแลควบคุมผู้ต้องขังให้อยู่ในระเบียบวินัย และไม่หลบหนีภายใต้หลักการที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัติราชทัณฑ์ พ.ศ.2475 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ตลอดจนกฎกระทรวงมหาดไทยที่ออกตามมาตรา 58 แห่งพระราชบัญญัติราชทัณฑ์ ซึ่งสามารถแยกพิจารณาขั้นตอนและมาตรการในการควบคุมและการปฏิบัติต่อผู้ต้องขังได้เป็น 3 ช่วงได้แก่
 1.   การรับตัวผู้ต้องขัง
 2.   การปฏิบัติต่อผู้ต้องขังในขณะที่อยู่ในเรือนจำ 
 3.   การปล่อยตัวผู้ต้องขัง ซึ่งให้หมายรวมถึงในกรณีที่ผู้ต้องขังเสียชีวิต